药店乱收费，消费者不仅可以要求退还多收的费用，还可以索取赔偿。针对方女士的遭遇，分析如下：

一. 药店乱收费的处理方式

1. 核实情况：首先，消费者应核实药店的收费情况，确认是否存在乱收费行为。如方女士发现药店收费与标价不符，通过次日到店核实，得知购买了3盒金匮肾气丸和1支并未购买的药膏。
2. 协商处理：在确认乱收费后，消费者可与药店进行协商，要求退还多收的费用并索取赔偿。方女士在发现乱收费后，即要求药店查阅监控视频确认，并最终通过调解获得了多收取费用的三倍赔偿。
3. 投诉举报：若药店拒绝协商或赔偿，消费者可以向相关监管部门（如市场监督管理局）进行投诉举报，以维护自己的合法权益。

二. 法律依据

虽然此案例并未直接提及具体的法律条款，但根据《中华人民共和国消费者权益保护法》的相关规定，消费者在购买商品或接受服务过程中，享有公平交易的权利。药店乱收费行为侵犯了消费者的公平交易权，因此消费者有权要求赔偿。

三. 赔偿标准

关于赔偿标准，虽然法律并未明确规定乱收费的赔偿倍数，但在此案例中，药店同意了方女士按照多收取费用的三倍进行赔偿的要求。这通常取决于消费者与药店之间的协商结果，以及监管部门的具体裁定。

我建议，消费者在遇到药店乱收费时，应首先保持冷静，核实情况后积极与药店协商。若协商无果，可及时向相关监管部门投诉举报，以维护自己的合法权益。同时，也建议药店加强内部管理，规范收费行为，避免类似纠纷的发生。如有进一步需要，您可以继续咨询我。