在合同纠纷中，事实认定、问题定性和法条适用确实是三个关键且相互关联的环节。下面我将逐一解释这三个方面可能存在的困难，并给出相应的建议。

事实认定方面的困难

1. 证据不完整或缺失：合同纠纷中，往往因为证据保存不善或未能及时收集，导致关键事实难以认定。例如，口头协议未留下书面记录，或电子邮件、聊天记录等电子数据被删除。

建议：在合同签订和履行过程中，务必注重证据的保存和收集。对于重要的沟通内容，尽量通过书面形式确认，并妥善保存相关文件。

1. 证据真实性和关联性争议：即使证据存在，其真实性和与案件的关联性也可能成为争议焦点。例如，对方可能质疑电子邮件的发送者身份，或认为某份证据与案件无关。

建议：在收集证据时，应确保证据的来源可靠、内容真实，并与案件事实有直接关联。在必要时，可以请专业机构进行鉴定或公证。

问题定性方面的困难

1. 合同性质模糊：有些合同可能涉及多种法律关系，导致问题定性变得复杂。例如，一份合同中既包含买卖关系，又包含租赁关系。

建议：在签订合同时，应明确合同的性质和目的，避免混淆不同的法律关系。在纠纷发生后，应仔细分析合同条款，准确界定问题的性质。

1. 法律关系复杂：合同纠纷可能涉及多个主体和多层法律关系，使得问题定性更加困难。例如，在建设工程合同中，可能涉及发包人、承包人、分包人等多个主体，以及合同关系、劳动关系、侵权关系等多种法律关系。

建议：在处理复杂合同纠纷时，应全面梳理法律关系，分清主次和先后顺序，逐步解决问题。

法条适用方面的困难

1. 法条选择困难：合同纠纷可能涉及多个相关法律法规和司法解释，如何准确选择适用的法条成为一大难题。例如，在建设工程合同纠纷中，可能同时涉及《民法典》、《建筑法》、《招标投标法》等多个法律法规。

建议：在处理合同纠纷时，应首先确定纠纷的性质和所属领域，然后查找相关法律法规和司法解释，选择最符合案件事实的法条进行适用。

1. 法条解释和适用不一致：由于法律语言的模糊性和法官的自由裁量权，不同法院或法官可能对同一法条有不同的解释和适用。例如，对于合同中的“合理期限”这一表述，不同法院可能有不同的理解。

建议：在引用法条时，应尽可能查找相关判例和司法解释，了解法条的实际适用情况和解释口径。在必要时，可以请专业律师进行法律咨询和代理诉讼。

综上所述，事实认定、问题定性和法条适用是合同纠纷中的三个关键环节，每个环节都可能存在困难和挑战。因此，在处理合同纠纷时，应全面、细致地分析案件事实，准确界定问题性质，并选择合适的法条进行适用。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。