针对您提出的问题“药店自查时发现货物可能存疑，退货给上游会被处罚吗”，以下是我的详细解答：

结论前置：药店在自查时发现货物可能存疑并选择退货给上游，是否会被处罚，这主要取决于货物存疑的具体原因、退货的合法性以及是否违反了相关法律法规或合同约定。一般来说，如果退货行为合法且符合合同约定，药店通常不会因此被处罚。

分析说明：

1. 货物存疑的原因：

   • 如果货物存疑是因为质量问题、假冒伪劣或不符合相关标准，那么退货是合理的，也是药店应尽的责任，以确保销售的药品安全有效。
   • 如果货物存疑是因为药店自身的误判或管理不善，且并未造成实际损失或影响，那么退货给上游并加强内部管理即可，通常不会面临处罚。

2. 退货的合法性：

   • 药店在退货前应确保退货行为符合相关法律法规的规定，如《药品管理法》等，避免违法退货导致的法律风险。
   • 药店应查看与上游供应商之间的合同，确认退货条款和退货流程，确保退货行为符合合同约定。

3. 可能面临的法律后果：

   • 如果药店退货行为合法且符合合同约定，通常不会面临处罚。
   • 如果药店因退货行为不当（如恶意退货、违反合同约定等）给上游供应商造成损失，那么药店可能需要承担相应的法律责任，包括赔偿损失等。

4. 建议：

   • 药店在自查发现货物存疑时，应及时与上游供应商沟通，明确退货原因和退货流程。
   • 药店应加强内部管理，提高药品质量意识，确保销售的药品安全有效。
   • 如遇复杂情况或法律纠纷，药店可咨询专业律师（如本人）以获取更具体的法律建议。

综上所述，药店在自查时发现货物可能存疑并选择退货给上游，是否会被处罚取决于多种因素。药店应确保退货行为合法且符合合同约定，以避免不必要的法律风险。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。