农村土地使用证40年到期后的处理方式主要取决于您是否希望继续使用这块土地。以下是一些详细的步骤和建议，供您参考：

首先，根据《城市房地产管理法》的相关规定，当土地使用权出让合同约定的年限届满时，如果您作为土地使用者需要继续使用土地，应当在届满前至少一年向土地管理部门提交续期申请。除非根据社会公共利益需要收回该土地，否则您的申请应当得到批准。一旦获得批准，您将需要重新签订土地使用权出让合同，并依照规定支付土地使用权出让金。这样，您的土地使用权将得到延续。

如果您未申请续期，或者申请续期但未获批准（通常是因为社会公共利益需要），那么土地使用权和地上的房产将由国家无偿收回。在这种情况下，您的房屋所有权也将自然消失。但是，对于地上的房产，根据收回时的残余价值，国家会给予您相应的补偿。

另外，值得注意的是，《物权法》对于住宅建设用地使用权有特别的规定。即住宅建设用地使用权期间届满的，自动续期。但这一规定并不适用于非住宅建设用地使用权，非住宅建设用地使用权期间届满后的续期需要依照法律规定办理。

在处理土地使用证到期问题时，您还需要注意以下几点：

1. 及时了解相关法律法规和政策变化，确保自己的权益得到保障。
2. 在提交续期申请时，准备好相关材料，如土地权属来源证明、身份证等，并按照规定的程序进行申请。
3. 如果您的土地使用证即将到期，且您有意继续使用土地，建议尽早与土地管理部门联系，了解续期的具体流程和要求。

综上所述，农村土地使用证40年到期后，您可以选择申请续期以继续使用土地，或者选择不申请续期由国家收回土地使用权。在处理这一问题时，请务必遵守相关法律法规和政策规定，确保自己的权益得到妥善保障。