非法持有涉密文件的处罚主要依据所持有文件的密级、数量、来源、用途以及是否造成后果等因素来决定。以下是对此问题的详细解答：
一、非法持有国家机密资料罪的处罚规定
根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，非法持有属于国家绝密、机密的文件、资料或者其他物品，且拒不说明来源与用途的，构成非法持有国家机密资料罪。此罪将依据刑法处三年以下有期徒刑、拘役或管制。量刑时，司法机关会综合考虑持有机密资料的数量、密级程度、是否造成后果以及行为人的认罪态度等因素。
- 持有机密资料数量：例如，非法持有机密级国家秘密二件以上，或绝密级国家秘密一件以上等情况，通常会被立案追诉。
- 密级程度：绝密级资料的非法持有将受到更严厉的处罚。
- 造成后果：若因非法持有导致国家机密泄露，造成严重后果的，将在法定刑幅度内从重考量。
二、相关行政处罚
除了刑事处罚外，对于非法获取、持有国家秘密载体的行为，保密行政管理部门还会依据《中华人民共和国保守国家秘密法》及其实施条例进行行政处罚。具体措施包括：
- 收缴：保密行政管理部门对保密检查中发现的非法获取、持有的国家秘密载体，应当予以收缴，并进行登记、出具清单，查清密级、数量、来源、扩散范围等。
- 协助收缴：保密行政管理部门可以提请公安、工商行政管理等有关部门协助收缴非法获取、持有的国家秘密载体。
- 改正与强制执行：责令当事人立即改正违法行为，当事人拒不履行处罚决定的，依法采取措施或向有关机关申请强制执行。
三、建议与警示
- 增强保密意识：日常生活中应增强保密意识，不非法持有、传播或泄露国家机密资料，避免触碰法律红线。
- 及时举报：若发现有人非法持有或传播国家机密资料，应及时向相关部门举报，共同维护国家信息安全。
- 法律责任：非法持有涉密文件不仅可能面临刑事处罚，还可能受到行政处罚，对个人名誉和未来产生严重影响。因此，务必遵守相关法律法规，不参与任何非法活动。
综上所述，非法持有涉密文件是一项严重的违法行为，将受到法律的严厉制裁。我们应该增强保密意识，遵守法律法规，共同维护国家的信息安全。