在租赁合同关系中，当土地权利人和地上建筑物权利人登记不一致，且租赁合同被确认无效后，处理地上建筑物的问题需要遵循相关法律法规，并确保双方权益得到妥善解决。以下是对这一问题的详细解答：
一、合同无效后的基本处理原则
相互返还财产：
- 承租方需将租赁的土地归还给出租方。
- 出租方应退还已收取的租金等费用给承租方，以使双方的财产状态尽可能恢复到合同签订前。
折价补偿：
- 对于承租方在土地上建造的不可拆除或拆除会造成较大损失的建筑物，出租方应给予承租方适当的折价补偿，以弥补其投入的成本。
损失责任承担：
- 若一方存在过错导致合同无效，该方应赔偿对方因此遭受的损失。
- 若双方都有过错，则各自承担相应的责任。
二、地上建筑物的具体处理方式
经同意建造的建筑物：
- 如果建筑物是在出租人同意的情况下建造的，扩建费用由双方按过错分担。
- 对于能拆除的建筑物，可责令拆除；若拆除会造成较大损失或无法拆除，则由出租人对建筑物进行折价补偿。
违规建设的建筑物：
- 若建筑物未取得建设工程规划许可证，或未按建设工程规划许可证的规定建设，这类建筑物可能会被认定为违法建筑，需由相关行政部门依法处理。
未经同意添附的建筑物：
- 若承租人未经出租人同意添附建筑物，出租人有权要求承租人恢复原状。
- 若无法恢复原状，承租人需赔偿相应损失。
三、实际案例应用
以您提供的案例为例：
- 小许将土地租给小李，双方签订土地租赁合同。
- 后合同被认定无效，小李在土地上添附了建筑物（未取得建设工程规划许可证）。
处理建议：
- 相互返还：小李需返还租赁的土地给小许，小许应退还已收取的租金给小李。
- 建筑物处理：
- 由于建筑物未取得建设工程规划许可证，可能会被相关行政部门认定为违法建筑并依法处理。
- 若建筑物可拆除且拆除不会造成较大损失，应责令拆除。
- 若建筑物无法拆除或拆除会造成较大损失，小许应给予小李适当的折价补偿。
- 损失赔偿：
- 小李未经小许同意添附建筑存在过错，应承担相应责任。
- 小许未告知土地存在权利瑕疵（如土地权利人和地上建筑物权利人登记不一致），也有过错，应赔偿小李因此受到的损失。
综上所述，在处理此类问题时，应综合考虑合同无效的原因、地上建筑物的性质及双方过错程度等因素，确保双方权益得到妥善解决。