在中标被质疑的情况下，通常应暂停签订合同。这一结论基于相关法律法规及实际操作中的通常做法。以下是对此结论的详细解释：

一、法律依据

1. 《中华人民共和国招标投标法》第四十六条：招标人和中标人应当自中标通知书发出之日起三十日内，按照招标文件和中标人的投标文件订立书面合同。但此条款并未直接规定质疑期间的处理方式。
2. 《中华人民共和国招标投标法实施条例》第五十七条：强调了合同内容与招标文件、投标文件的一致性，并指出质疑处理期间签订合同可能影响质疑处理的公正性和有效性。
3. 《政府采购法实施条例》第五十四条：明确规定，询问或质疑事项可能影响中标结果的，采购人应当暂停签订合同。这一规定直接适用于政府采购领域，对于其他类型的招标也具有一定的参考价值。

二、实际操作建议

1. 暂停合同签订：在收到质疑后，招标人应首先评估质疑的合理性及其对中标结果的可能影响。若认为质疑可能成立或财政部门要求暂停，应立即暂停合同签订流程，以避免潜在的法律风险和纠纷。
2. 及时沟通解释：在等待质疑处理期间，招标人与中标人应保持密切沟通，及时澄清和解释相关问题。这有助于消除误解和疑虑，为后续的合同签订打下良好基础。
3. 关注质疑处理结果：招标人应密切关注质疑处理的进展和结果。一旦质疑得到妥善解决，且中标结果得到确认，即可按照法律法规的要求与中标人签订合同。

三、特殊情况下的考虑

虽然一般情况下应暂停合同签订，但在某些特殊情况下，如抢险救灾、疫情防控等紧急项目，因时间紧迫，延迟签订合同可能导致公共利益受损或项目无法正常进行。在此类情况下，招标人可经过相关主管部门的批准，并采取必要的风险防范措施后，与中标人签订合同。但这种情况较为罕见，且需严格遵循相关法律法规和程序要求。

综上所述，在中标被质疑的情况下，通常应暂停签订合同，以确保质疑处理的公正性和后续合同的效力。同时，招标人应密切关注质疑处理的进展和结果，并根据实际情况采取相应的措施。如有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。