甲方恶意克扣工程款时，你可以通过以下途径来解决：
与发包方协商：
- 首先尝试与甲方（发包方）进行友好协商，明确克扣工程款的缘由，并争取让对方支付剩余的工程款。这是解决纠纷较为平和且直接的方式。
向建设行政主管部门投诉：
- 如果协商无果，你可以向当地的建设行政主管部门（如住建部门）投诉。该部门有权对建设工程领域的违法违规行为进行查处和协调，他们会帮助你处理此类纠纷。
申请劳动仲裁（如涉及劳务分包）：
- 如果你的工程款涉及劳务分包，且甲方仍然拒绝支付，你可以申请劳动仲裁。凭借合同和相关证据，劳动仲裁机构会进行裁决，该裁决具有约束力，能在一定程度上保障你的权益。
向法院起诉：
- 当上述途径都无法解决问题时，你可以向法院提起民事诉讼。在起诉时，你需要准备充分的证据，如合同、施工记录、结算凭证等，以证明甲方恶意克扣工程款的事实。法院将依法进行审理，并作出公正判决，追回应付款和利息。
综上所述，面对甲方恶意克扣工程款的问题，你可以通过协商、投诉、劳动仲裁和诉讼等多种途径来维护自己的合法权益。在整个过程中，请务必保留好相关证据，以便在需要时提供有力的支持。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。