当个人欠公司款项而公司已经注销时，处理方式主要取决于公司注销的具体情况以及债权申报和受偿的状况。以下是一些具体的建议：
一、了解公司注销的合法性
首先，你需要确认公司注销的程序是否合法合规。这包括查看公司是否按照法定程序进行了清算，并在清算过程中是否通知了所有债权人申报债权。
若公司存在违法注销情况：
- 如公司未经依法清算就办理注销登记，导致公司无法进行清算，你可以主张有限责任公司的股东、股份有限公司的董事和控股股东，以及公司的实际控制人对公司债务承担清偿责任。
若公司依法定程序清算注销：
- 你需要查看自己在清算过程中是否已经申报了债权。如果已申报，则按照清算方案受偿。
- 如果清算时未通知你申报债权，或者清算有问题，你可以要求清算义务人（如股东、董事等）在应清偿范围内承担债务。
二、采取法律措施
如果公司注销后，你的债务仍未得到妥善处理，你可以采取以下法律措施：
收集证据：
- 收集与公司之间的合同、交易凭证、沟通记录等，以证明债权债务关系的存在。
协商沟通：
- 尝试与公司股东、董事或清算义务人进行协商，看是否能够达成债务清偿的协议。
提起诉讼：
- 如果协商无果，你可以向有管辖权的法院提起诉讼，要求相关责任人承担债务清偿责任。
- 在诉讼过程中，你需要提供充分的证据来证明自己的债权，并阐述公司注销的合法性问题以及自身债权未得到妥善处理的情况。
追加股东为被告：
- 如果公司股东未依法进行清算就注销公司，你可以依据《公司法》的相关规定，追加股东为被告，要求其承担清偿责任。
注意诉讼时效：
- 一般来说，债权债务纠纷的诉讼时效为三年。因此，你需要及时主张自己的权利，避免超过诉讼时效而丧失法律保护。
三、其他注意事项
查看担保情况：
- 如果你的债务有担保，你可以要求担保人承担担保责任。这包括一般保证和连带责任保证，具体取决于担保合同的约定。
关注公司财产分配：
- 如果公司注销后仍有剩余财产，你可以要求相关责任人在分得剩余财产的范围内对债务承担清偿责任。
综上所述，当个人欠公司款项而公司已经注销时，你需要先了解公司注销的合法性以及自身债权申报和受偿的状况。然后，根据具体情况采取相应的法律措施来维护自己的合法权益。