在分居证据不足但已经分居的情况下起诉离婚，法院是否会判决离婚，这是一个涉及多个因素的综合判断问题。

首先，明确结论：分居证据不足并不直接影响法院对离婚案件的判决，关键在于能否证明夫妻感情确已破裂，以及是否符合《中华人民共和国民法典》中关于离婚的相关规定。

其次，分析法律依据：

• 根据《中华人民共和国民法典》第一千零七十九条，夫妻一方要求离婚的，可以由有关组织进行调解或者直接向人民法院提起离婚诉讼。法院在审理离婚案件时，会进行调解；如果感情确已破裂，调解无效的，应当准予离婚。
• 该法条还规定了判断感情破裂的一些具体情形，其中包括“因感情不和分居满二年”。但需要注意的是，这只是一个判断感情破裂的参考因素，并非绝对条件。

再者，考虑法院判决的考量因素：

• 分居事实的认定：法院会审查分居的原因、时间以及分居期间的双方关系等，以判断分居是否确实由于夫妻感情不和引起，并且分居时间是否连续、完整。
• 综合判断感情是否破裂：除了分居因素外，法院还会考虑双方的感情基础、婚后感情状况、家庭暴力、赌博吸毒等恶习、经济支持、情感交流、挽回行动等其他因素，以综合判断夫妻感情是否确已破裂。

最后，给出建议：

• 在分居证据不足的情况下，建议积极收集其他能够证明夫妻感情破裂的证据，如家庭暴力记录、赌博吸毒证据、双方协商离婚的记录等。
• 若首次起诉离婚证据不足且对方不同意离婚，法院可能判决不离。但判决生效6个月后，原告可再次起诉。在此期间，应继续收集证据，并考虑寻求专业法律帮助（如直接向我咨询），以制定更有效的诉讼策略。

综上所述，分居证据不足并不直接决定法院是否会判决离婚。关键在于能否提供充分有效的证据来证明夫妻感情确已破裂，并符合《中华人民共和国民法典》中关于离婚的相关规定。因此，在起诉离婚前，建议积极准备相关证据，并寻求专业法律帮助以确保自身权益得到充分保障。