文件复函通过电子邮件发送是有效的。

在合同纠纷中，关于文件复函的形式，法律并未明确规定必须采用纸质形式。实际上，随着科技的发展，电子邮件已经成为一种广泛被接受和使用的通讯方式，它具有便捷、高效的特点。

根据相关法律法规，书面形式通知包括纸质的文件、信件，也包括电报、电传、传真、电子数据交换和电子邮件等数据电文。因此，文件复函通过电子邮件发送，完全符合书面形式的要求。只要电子邮件的内容清晰、明确，能够表达复函的意图，并且能够确保送达相关当事人，那么这种复函方式就是有效的。

当然，在实际操作中，为了确保电子邮件的有效性和安全性，建议采取一些措施，如使用可靠的电子邮件服务商、确保电子邮件的加密传输、保存电子邮件的发送记录等。这样，在发生纠纷时，可以更有效地证明电子邮件的真实性和合法性。

总之，文件复函通过电子邮件发送是有效的，但需要注意确保电子邮件的内容清晰、明确，并且能够确保送达相关当事人。如果你有任何关于合同纠纷或其他法律问题的疑问，可以直接向我咨询。