起诉撤销行政行为的案由主要基于行政行为的合法性要求，当行政行为存在违法情形时，当事人可以向法院提起诉讼，请求撤销该行政行为。具体来说，根据《中华人民共和国行政诉讼法》第七十条的规定，行政行为有下列情形之一的，人民法院判决撤销或者部分撤销，并可以判决被告重新作出行政行为：
主要证据不足的：行政机关作出行政行为应基于充分且真实的证据，若关键证据缺失、不真实或关联性不强，无法证明行政行为的合法性，则构成主要证据不足，法院将因此撤销该行政行为。
适用法律、法规错误的：行政机关必须正确适用法律、法规，对法律、法规的理解错误、引用错误或适用了已失效的法律规范，均构成适用法律错误，导致行政行为被撤销。
违反法定程序的：行政机关应遵循法定的方式、步骤、顺序和时限等程序要求作出行政行为，未遵循这些程序要求，如未告知听证权利或未依法举行听证，将构成违反法定程序，导致行政行为被撤销。
超越职权的：行政机关只能在法律、法规授予的权限范围内行使职权，超出法定权限作出的行政行为，构成超越职权，将被法院撤销。
滥用职权的：行政机关虽在法定权限内作出行政行为，但若背离法律授权目的，存在不正当动机或不合理考虑，即构成滥用职权，同样会导致行政行为被撤销。
明显不当的：即使行政行为合法，但若明显不合理或显失公正，法院也可判决撤销或部分撤销。
综上所述，起诉撤销行政行为的案由主要包括行政行为存在主要证据不足、适用法律错误、违反法定程序、超越职权、滥用职权以及明显不当等情形。当事人若认为行政行为存在上述违法情形，有权向法院提起诉讼，请求撤销该行政行为。