在留置案件中发现手机有婚外情聊天记录但与案件无关时，一般不需要查女方真实身份。下面我对此进行详细解释：

首先，我们要明确留置案件的核心目的和关注点。留置案件通常涉及的是被调查人可能存在的违纪或违法行为，而婚外情聊天记录虽然可能反映了被调查人的个人道德问题，但并不一定与案件本身有直接关联。因此，在案件调查过程中，应重点关注与案件直接相关的证据和线索。

其次，从法律程序的角度来看，查证女方真实身份需要遵循一定的法律程序和规定。在没有任何法律依据或合理怀疑的情况下，擅自调查他人身份可能涉嫌侵犯他人隐私权，这是不被法律所允许的。因此，除非婚外情聊天记录与案件有直接关联，且有必要通过查证女方身份来进一步推进案件调查，否则不应进行此类调查。

最后，从实际操作的角度来看，即使婚外情聊天记录与案件无关，但如果你认为这些信息可能对案件有某种间接影响或提示，你可以考虑将其作为案件调查的线索之一，但并不需要直接查证女方真实身份。你可以将这些信息提交给相关部门或机构，由他们根据案件需要进行进一步的处理和调查。

综上所述，在留置案件中发现手机有婚外情聊天记录但与案件无关时，一般不需要查女方真实身份。如果你对此类问题有任何疑问或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。