当协议与章程发生冲突时，一般应遵循协议优先的原则。以下是对这一结论的详细解释：
协议与章程的法律地位：
- 协议：通常是双方或多方在平等、自愿的基础上，就特定事项达成一致意见，并明确各自权利、义务和责任的书面文件。协议具有明确的针对性，且往往针对具体事项或交易。
- 章程：一般是组织或机构的基本规则，用于规定其内部组织结构、运作方式、成员权利与义务等。章程具有更广泛的适用性，通常对组织或机构的全体成员具有约束力。
冲突解决原则：
- 在大多数情况下，协议作为双方或多方就特定事项达成的明确约定，其效力往往优先于章程。因为协议是当事人之间直接协商的结果，体现了双方的共同意愿和具体安排。
- 章程虽然对组织或机构具有普遍约束力，但其内容通常较为宏观和抽象，不一定能涵盖所有具体事项。因此，在协议与章程发生冲突时，以协议为准更符合当事人的真实意愿和具体需求。
特殊情况说明：
- 当然，也存在一些特殊情况。例如，如果章程中明确规定了某些事项必须遵循章程规定，或者章程的修改程序特别严格，那么在这些情况下，章程的效力可能会优先于协议。
- 此外，如果协议本身存在违法、无效或可撤销的情形，那么其效力也会受到影响，此时可能需要根据具体情况来判断章程与协议的效力关系。
综上所述，当协议与章程发生冲突时，一般应遵循协议优先的原则。但也需要根据具体情况来判断，并考虑章程的特殊规定以及协议的合法性等因素。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。