保密协议在签订后是具有一定效力的，但能否通过仲裁被认定有效，需结合具体情况进行综合判断。以下是对此问题的详细分析：

一、保密协议的有效条件

1. 主体适格：签订保密协议的双方必须具备相应的民事行为能力，否则协议可能无效。
2. 意思表示真实：保密协议应是在双方自愿、平等且真实表达意愿的前提下签订的，若存在欺诈、胁迫等不当行为，协议可能被认定为无效。
3. 内容合法：保密协议的内容不得违反法律、行政法规的强制性规定，也不得损害国家利益、社会公共利益，否则协议无效。
4. 条款合理：保密协议中的权利义务应相对平衡，不得过度加重一方的责任或剥夺对方的权益，否则协议可能因显失公平而被认定为无效或部分无效。

二、保密协议可能通过仲裁被认定无效的情形

在仲裁过程中，若保密协议存在以下情形之一，可能被认定为无效：

1. 协议内容违反法律法规的强制性规定。
2. 协议签订过程中存在欺诈、胁迫等不当行为。
3. 协议条款显失公平，过度加重了一方的责任或剥夺了对方的权益。
4. 协议损害了国家利益或社会公共利益。

三、仲裁认定保密协议有效的法律后果

若仲裁机构认定保密协议有效，则双方应严格按照协议的约定履行相关义务。任何一方违反保密协议的规定，都可能面临承担相应的法律责任，包括赔偿损失等。

四、建议与注意事项

1. 在签订保密协议前，应仔细审查协议条款，确保其合法合规，并避免存在欺诈、胁迫等不当行为。
2. 保密协议应明确保密信息的范围、保密期限以及保密责任等关键内容，以确保协议的明确性和可执行性。
3. 若对保密协议存在争议，应及时申请仲裁或诉讼，以维护自己的合法权益。

综上所述，保密协议在签订后具有一定效力，但能否通过仲裁被认定有效需结合具体情况进行判断。在签订和履行保密协议过程中，双方应严格遵守相关法律法规和诚信原则，以确保协议的合法性和有效性。