公司注册时虚假出具证明，主要违反了以下相关规定：
《中华人民共和国刑法》的相关规定：
- 第二百二十九条规定，承担资产评估、验资、验证、会计、审计、法律服务等职责的中介组织的人员，如果故意提供虚假证明文件，情节严重的，将处五年以下有期徒刑或者拘役，并处罚金。若索取他人财物或非法收受他人财物，犯此罪的，将处五年以上十年以下有期徒刑，并处罚金。
《公司法》的相关规定：
- 第二百一十九条第一款规定，承担资产评估、验资或者验证的机构，如果提供虚假证明文件，将没收违法所得，并处以违法所得一倍以上五倍以下的罚款。同时，有关主管部门可以依法责令该机构停业，吊销直接责任人员的资格证书。如果构成犯罪，还将依法追究刑事责任。
《证券法》的相关规定：
- 第二百零二条规定，为证券的发行、上市或者证券交易活动出具审计报告、资产评估报告或者法律意见书等文件的专业机构，如果就其所应负责的内容弄虚作假，将没收违法所得，并处以违法所得一倍以上五倍以下的罚款。同时，有关主管部门将责令该机构停业，吊销直接责任人员的资格证书。如果造成损失，还将承担连带赔偿责任。如果构成犯罪，也将依法追究刑事责任。
综上所述，公司注册时虚假出具证明是一种严重的违法行为，不仅可能面临行政处罚，如罚款、停业、吊销资格证书等，还可能构成犯罪，需要承担刑事责任。因此，建议公司在注册过程中务必遵循相关法律法规，确保提供的所有证明文件真实、准确、合法。