当股东决议中有小部分股东不同意时，处理方式主要依据决议事项的性质以及公司章程的规定。以下是我根据相关法律和公司治理原则，为您提供的详细解答：

1. 普通决议事项：

   • 对于普通决议事项，如日常经营决策等，通常遵循公司章程所规定的表决程序。只要超过半数表决权的股东表示同意，该决议即可通过。
   • 在这种情况下，持不同意见的股东应尊重多数股东的决定。但如果他们认为决议侵害了自己的合法权益，如违反公司章程或损害小股东利益，可以通过诉讼方式请求法院撤销该决议。

2. 特别决议事项：

   • 特别决议事项，如修改公司章程、增加或减少注册资本等，通常需要三分之二以上表决权的股东同意。
   • 如果未达到法定比例，该决议将不具备法律效力。此时，不同意的股东无需采取进一步行动，因为决议本身即无效。

3. 股东权益保护：

   • 对于不同意的股东，如果他们认为自己的权益受到了侵害，除了诉讼方式外，还可以考虑与公司协商，寻求合理的补偿或解决方案。
   • 另外，股东也可以考虑通过转让股权的方式退出公司，以避免因决议不同而带来的潜在风险。

4. 公司章程的重要性：

   • 公司章程是公司治理的基础文件，其中规定了股东的权利、义务以及决议的表决程序等。
   • 因此，在处理股东决议不同意的情况时，首先应查阅公司章程的相关规定，以确保处理方式的合法性和合规性。

综上所述，当股东决议中有小部分股东不同意时，应根据决议事项的性质和公司章程的规定来采取相应措施。如果股东认为自己的权益受到了侵害，可以通过诉讼、协商或转让股权等方式来维护自己的合法权益。如果您有具体的法律问题或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。