针对您提出的“股东失去民事行为能力，其法定代理人又不愿配合，公司如何注销”的问题，以下是我的详细解答：

结论前置

在股东失去民事行为能力且其法定代理人不愿配合的情况下，公司注销会面临一定困难，但仍可通过特定法律程序进行。具体需依据公司章程、股东协议及相关法律法规，可能涉及股东资格的继承、转让或法院指定代理人等程序。

详细解答

1. 股东资格的处理：

   • 继承：若公司章程或股东协议未对股东失去民事行为能力后的股东资格作出特别规定，则根据《民法典》的相关规定，该股东的资格可由其继承人继承。公司应首先尝试与继承人沟通，看其是否愿意配合注销事宜。
   • 转让：若继承人无意继承或无法继承，公司可考虑与其他股东或外部投资者协商，通过股权转让的方式解决该股东的股权问题。
   • 法院指定代理人：若上述方式均不可行，公司可向法院申请指定一名代理人，代表该失去民事行为能力的股东参与公司的决策和注销程序。

2. 注销程序的启动：

   • 在处理好股东资格问题后，公司可按照《公司法》及相关行政法规的规定，启动注销程序。这通常包括成立清算组、进行清算、编制清算报告、向登记机关申请注销登记等步骤。
   • 在注销过程中，需特别注意保护债权人的利益，确保清算程序的合法性和公正性。

3. 法律风险的防范：

   • 在整个过程中，公司应咨询专业律师的意见，确保所有操作均符合法律法规的要求，避免引发不必要的法律纠纷。
   • 特别是与失去民事行为能力的股东及其法定代理人的沟通，应尽可能通过书面形式进行，并保留好相关证据，以防范潜在的法律风险。

4. 特殊情况的考虑：

   • 若公司存在其他特殊情况，如涉及外资、上市公司等，则还需考虑相关特殊规定和监管要求。

综上所述，尽管在股东失去民事行为能力且其法定代理人不愿配合的情况下，公司注销会面临一定挑战，但通过遵循相关法律法规和特定程序，仍可实现公司的合法注销。如有任何具体问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。