当公司正在审计注销的过程中，而财务负责人提出辞职时，需要按照一系列步骤来妥善处理这种情况，以确保注销流程的顺利进行，并保障财务负责人的合法权益。以下是一个详细的处理指南：
一、明确辞职与注销的时间节点
首先，要明确财务负责人的辞职时间与公司注销审计的进度。如果辞职发生在注销审计开始之前或进行中，需确保辞职不会影响到注销流程的连续性。
二、处理财务负责人的职责交接
- 工作交接：财务负责人需与公司其他相关人员（如新任财务负责人、公司管理层等）进行工作交接，确保所有财务资料、账目、报表等完整无误地移交给接替人员。
- 审计配合：如果辞职时公司正在接受注销审计，财务负责人需配合审计机构完成相关工作，提供必要的财务信息和资料。
三、税务系统解除关联
- 准备材料：携带企业注销证明（或正在注销的证明）、财务负责人的身份证明、原税务登记证等相关文件。
- 办理流程：
- 可选择前往税务机关办税服务厅现场办理，说明情况并提交相关材料。
- 或通过电子税务局系统进行在线操作，找到“企业用户授权”部分，选择已注销（或正在注销）企业的财务负责人身份进行删除或变更。
- 审核与确认：税务机关会根据提供的资料进行审核，审核通过后，将在税务系统中正式解除财务负责人的关联。
四、工商系统处理
- 一般情况下，企业注销即意味着所有登记事项的完结，包括财务负责人的关联信息。但若工商系统内仍有残留信息，可由原企业法定代表人或相关经办人员持企业注销证明、身份证明等材料到工商登记机关说明情况，请求核实并清理或标注失效。
五、劳动合同解除
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，通过协商、提前通知或单方面解除等方式，确保劳动合同的合法解除。
- 在解除劳动合同过程中，财务负责人应确保工作交接无误，并依法获得应得的经济补偿。用人单位也需遵守相关法律法规，保障财务负责人的合法权益。
六、注意事项
- 保持沟通：财务负责人应与用人单位保持良好沟通，确保双方权益得到妥善保障。
- 关注政策差异：不同地区的具体要求和操作流程可能有所不同，建议在办理前先咨询当地税务、工商部门或专业律师，了解详细要求和准备充分。
- 及时处理：财务负责人的辞职和注销审计都是重要事项，需及时处理以避免可能的法律风险和纠纷。
综上所述，处理财务负责人在公司注销审计过程中的辞职问题，需要综合考虑多个方面，包括工作交接、税务和工商系统的解除关联、劳动合同的解除等。务必按照法律法规的要求进行操作，以确保注销流程的顺利进行和财务负责人的合法权益得到保障。