股东失权由董事会决定，这一规定是基于新《公司法》的明确条款以及公司治理的实际需要。以下是对此问题的详细解答：
一、结论前置
股东失权，即股东因未按期履行出资义务等原因而丧失其股权，这一决定由公司董事会作出。
二、法律依据
新《公司法》第五十二条第一款明确规定：“公司经董事会决议可以向该股东发出失权通知”。这一法律条款直接确立了董事会作为决定股东失权的机关。
三、董事会决定股东失权的合理性
公司治理结构：在公司治理结构中，董事会是负责决策和管理公司事务的核心机构。股东失权作为公司的一项重要事务，自然应由董事会来决策。
商业判断：董事会成员通常具有丰富的商业经验和专业知识，他们能够根据公司的实际情况和利益最大化原则，作出是否令股东失权的商业判断。
勤勉义务与忠实义务：董事会在作出决策时，需要履行勤勉义务和忠实义务，确保决策的科学性和合理性。如果董事会决策失误且给公司造成损失，有可能需要对公司承担赔偿责任。
四、特殊情况下的考虑
关联董事回避：如果董事是未按期出资的股东本人或其委派/提名的人员，在股东失权表决中是否需要回避，新《公司法》并未明确规定。但为了避免大股东利用控制权影响决策，确保公平性，关联董事应当回避。同时，为了避免争议，最好在公司章程中规定股东失权决议中关联董事应回避。
决议通过比例：新《公司法》规定，股东失权的董事会决议需过半数通过。需注意的是，回避的董事不计入分母。
五、总结
综上所述，股东失权由董事会决定是基于新《公司法》的明确规定以及公司治理的实际需要。董事会作为公司的决策机构，具有作出这一决定的合法性和合理性。同时，在特殊情况下，如关联董事回避和决议通过比例等，也需要根据公司章程和法律规定进行妥善处理。如果您对此类问题有进一步的法律咨询需求，请直接向我提问。