针对“医疗机构采购未经备案的抗菌药物如何处罚”的问题，以下是根据相关规定和案例整理的详细解答：

首先，我们需要明确的是，医疗机构在采购抗菌药物时，必须遵循相关的法律法规和规定。根据《抗菌药物临床应用管理办法》的相关规定，医疗机构应当按照省级卫生行政部门制定的抗菌药物分级管理目录，制定本机构抗菌药物供应目录，并向核发其《医疗机构执业许可证》的卫生行政部门备案。未经备案的抗菌药物品种、品规，医疗机构不得采购。

如果医疗机构违反了这一规定，采购了未经备案的抗菌药物，那么将会受到相应的处罚。具体来说，根据《抗菌药物临床应用管理办法》第五十四条以及相关法律法规，对于医疗机构采购未经备案的抗菌药物的行为，县级以上地方卫生行政部门可以责令其限期改正，并给予警告。如果医疗机构逾期不改，那么可根据情节轻重处以相应的罚款。

以实际案例为例，某西医内科诊所因违规使用抗菌药物（包括采购未经备案的抗菌药物）被查处，当地卫生健康局依法给予该诊所警告，并没收违法所得，同时处以罚款。这一案例也说明了卫生行政部门对于医疗机构采购和使用抗菌药物的监管力度，以及违规行为的严重后果。

因此，医疗机构在采购和使用抗菌药物时，必须严格遵守相关法律法规和规定，确保所采购的抗菌药物已经过备案，并符合相关规定。同时，医疗机构也应当加强内部管理，提高医务人员的合规意识，确保抗菌药物的合理使用和患者的用药安全。

最后，需要提醒的是，如果患者或公众发现医疗机构存在采购或使用未经备案的抗菌药物等违规行为，可以向当地卫生行政部门举报或拨打相关投诉电话进行投诉。卫生行政部门将会依法进行调查处理，并保障举报人的合法权益。