农村自建房国家规定最高不能超过3层，但具体条款在法律法规中并未明确层数限制，而是对建设用地及建设审批有相关规定。具体分析如下：
一. 农村自建房的层数规定
- 农村自建房的层数，在国家层面的法律法规中，并未直接明确规定具体的层数限制。但通常建议层高为2.6米到3米之间，最高不能超过3.3米，且由于南北差异等，各地在实际执行的时候会根据当地情况适当调整。因此，具体的层数限制需咨询当地有关部门。
二. 相关法律法规
- 《中华人民共和国土地管理法》第四十四条：涉及农用地转为建设用地的，应当办理农用地转用审批手续。这表明，农村自建房如需占用农用地，必须依法办理审批手续。
- 《中华人民共和国土地管理法实施条例》相关条款：进一步细化了农用地转用审批的具体流程和要求，但同样未直接规定农村自建房的具体层数。
三. 实际执行中的考虑
- 农村自建房的层数限制，往往与当地的地质条件、抗震要求、宅基地政策等因素密切相关。因此，在具体执行中，需结合当地的相关规定和实际情况来确定。
我建议：在准备建设农村自建房时，应首先咨询当地有关部门，了解具体的层数限制和建设要求，并依法办理相关审批手续，以确保建设的合法性和安全性。如有进一步需要，您可以继续咨询我。