发票金额比合同金额小，这种情况在商业交易中确实有可能出现，但其合法性与合理性需要根据具体情况来细致分析。以下是对此问题的详细解答：
一、一般原则
原则上，合同金额与发票金额应当保持一致，以确保交易的合规性、财务数据的真实性以及避免潜在的法律风险。发票是企业财务核算的重要原始凭证，也是税务机关监管的重要依据，因此其准确性至关重要。
二、可以的情况及处理方式
合同变更或调整：
- 如果在合同履行过程中，双方协商减少了货物数量、降低了服务内容等，导致实际交易金额小于合同约定金额，这属于合理变更。
- 处理方式：双方应签订补充协议或通过其他书面形式确认变更内容，并根据实际交易金额开具发票。同时，在财务处理上，需根据实际交易金额确认收入和成本。
分期付款或预开发票：
- 对于长期合同或分阶段完成的交易，如建设工程合同，可能因工程进度而先开具部分金额的发票。
- 处理方式：后续交易完成或结算时，应及时补开发票，确保最终发票金额与合同实际履行金额一致。同时，需保留相关交易记录和凭证，以备查证。
折扣、返利或预估价与实际结算价差异：
- 如果合同中约定了折扣、返利等条款，或者合同中约定的金额为预估价，最终按实际发生额结算，这也可能导致发票金额小于合同金额。
- 处理方式：确保合同中有明确条款说明这些情况，并保留相关证据材料，如交易记录、结算单等。
三、不可以的情况及风险
逃避税务：
- 如果故意使发票金额小于合同金额，以减少收入、逃避税款，这属于违法行为。
- 法律后果：根据相关法律法规，此类行为可能构成偷税，税务机关将追缴税款、滞纳金，并处以罚款；情节严重者，还可能面临刑事责任。
违反合同约定：
- 如果合同明确约定了发票开具的金额和方式，而发票金额小于合同金额，这可能构成违约。
- 法律后果：买方有权追究卖方的违约责任，要求卖方按照合同约定开具正确金额的发票。
影响财务核算和审计：
- 发票金额与合同金额不一致会导致财务数据不准确，难以真实反映企业的经营活动和财务状况。这在企业内部审计、外部审计以及税务检查时都可能引发质疑和问题。
四、总结与建议
确保一致性：企业应尽量避免合同金额与发票金额不一致的情况。在交易过程中，应确保合同与发票的金额、项目描述等保持一致。
加强沟通与管理：交易双方应加强沟通，明确交易细节和金额。同时，企业应加强财务管理和内部控制，确保会计资料的真实、完整。
咨询专业意见：在处理复杂的合同与发票关系时，建议咨询专业的法律或税务顾问，以确保合规性并降低法律风险。
综上所述，发票金额比合同金额小并不一定总是问题，但需要根据具体情况进行判断和处理。企业应遵循相关法律法规和财务规范，确保交易的合规性和财务数据的真实性。