赌博网站的认定应由司法机关进行。具体分析如下：

一. 司法机关的认定权限

1. 法律依据：根据相关法律法规，司法机关（如公安机关、法院等）具有对涉嫌违法犯罪活动进行调查和认定的权限。赌博网站涉及违法犯罪活动，因此其认定应由司法机关进行。
2. 专业性与权威性：司法机关在打击犯罪方面具有丰富的经验和专业知识，能够准确判断网站是否涉及赌博活动，并作出相应的法律认定。

二. 鉴定机构的角色

1. 辅助性质：鉴定机构通常是在司法机关的委托下，对特定事项进行技术鉴定或评估。在赌博网站的认定过程中，鉴定机构可能提供技术支持或专业意见，但最终的认定权仍在司法机关。
2. 不直接参与认定：鉴定机构本身并不具有对赌博网站进行法律认定的权限，其角色更多是辅助和提供专业意见。

三. 实际操作流程

• 在实际操作中，司法机关会依据相关法律法规和程序，对涉嫌赌博的网站进行调查。这一过程中，可能会委托鉴定机构对网站的技术特征、资金流向等进行鉴定，以辅助判断网站是否涉及赌博活动。
• 最终，司法机关会根据调查结果和鉴定意见，对网站是否构成赌博作出法律认定，并据此采取相应的法律措施。

综上所述，赌博网站的认定应由司法机关进行，鉴定机构在其中扮演辅助角色。如有进一步需要，您可以继续咨询我。