商业秘密可以用于公司出资。商业秘密作为知识产权的一种，具有财产权属性，这是其能够作为公司出资的前提与基础。下面我将从法律角度、评估流程及相关注意事项等方面进行详细解释。

法律依据

根据《中华人民共和国公司法》（2018年修订）第二十七条的规定，股东可以用货币出资，也可以用实物、知识产权、土地使用权等可以用货币估价并可以依法转让的非货币财产作价出资。商业秘密作为知识产权的一种，若满足一定条件，如真实存在、具有合法来源、能为权利人带来经济利益等，是可以作为出资的。

评估流程

1. 提交资料：在评估商业秘密时，需要提交商业秘密的有效状况、技术特性、实用价值等相关资料。
2. 评估作价：委托知识产权评估机构对商业秘密进行评估，确定其价值。评估时，应考虑商业秘密的创新程度、保护期限的不确定性以及秘密性等特点，采用合理的评估方法。
3. 签订保密协议：为防止商业秘密在评估过程中泄露，出资方应与评估机构签订保密协议，明确保密义务与违约责任。

注意事项

1. 保密性：商业秘密的保密性是其核心特征之一。在出资过程中，出资方应严格保守商业秘密，避免不当披露导致泄露。
2. 价值评估：商业秘密的价值评估可能存在一定的难度和不确定性。因此，需要选择专业的评估机构，并遵循相关的评估标准和程序进行评估。
3. 合法性：出资方必须确保对商业秘密拥有合法的所有权或处分权，能够将其合法地转移给公司。否则，可能构成侵权或违反相关法律法规。

综上所述，商业秘密在符合一定条件的情况下可以作为公司出资。但在实际操作中，需要注意保密性、价值评估以及合法性等问题，以确保出资的合法性和公司的利益。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。