当申请人破产且仲裁仍在审理中时，处理流程应遵循《企业破产法》及相关法律法规的规定。以下是对此情况的具体处理方式：

首先，根据《企业破产法》第20条，一旦人民法院受理了破产申请，那些已经开始但尚未终结的与债务人相关的民事诉讼或仲裁将会中止。这一中止是暂时的，目的是为了让破产管理人能够接管债务人的财产，并确保所有与债务人财产相关的法律事务得到妥善处理。

接下来，在管理人接管了债务人的财产后，之前中止的诉讼或仲裁将会继续进行。这意味着，仲裁机构或法院将会恢复对案件的审理，并根据已有的证据和法律规定作出裁决或判决。

同时，对于债权人来说，在判决作出并生效前，他们有权向管理人申报债权。如果管理人在审查债权时确认了债权人的债权，并将债权审查结果通知了债权人，那么债权人可以选择撤诉，以降低诉讼成本。

此外，值得注意的是，如果债权人在破产申请受理后新提起要求债务人清偿的民事诉讼，人民法院将不予受理。债权人应被告知向管理人申报债权，并按照破产程序进行统一受偿。

综上所述，当申请人破产且仲裁仍在审理中时，仲裁程序会暂时中止，等待管理人接管债务人财产后继续进行。债权人在此过程中应及时向管理人申报债权，并按照破产程序的相关规定进行后续操作。