关联交易价格不公允但有正当理由的，确实可以除外。

在公司法务实践中，关联交易的价格公允性是一个重要的审查点。通常，关联交易应当遵循公平、公正、公开的原则，确保交易价格公允，以维护公司利益和股东权益。然而，并非所有关联交易都能完全达到这一标准，有时可能存在价格不公允的情况。

在这种情况下，如果交易双方能够提供充分的正当理由，证明价格不公允是出于合理的商业考虑或特殊情境，那么这种交易是有可能被接受并排除在不公允交易的范畴之外的。正当理由可能包括但不限于：

1. 特殊的商业策略：比如，为了长期合作或市场布局，公司可能愿意在某一笔交易上做出价格让步。
2. 历史遗留问题：某些关联交易可能受到历史因素的影响，导致价格与当前市场水平不符，但这种不符是合理的。
3. 非货币性交易：在涉及资产置换、股权交换等非货币性交易时，交易价格可能难以用货币准确衡量，因此可能出现不公允的情况，但只要双方认可并有合理解释，也是可以被接受的。

需要注意的是，即使有关联交易的正当理由，公司也应当确保交易的透明度和合规性。在必要时，应当进行充分的信息披露，让股东和利益相关者了解交易的情况和背景，以避免潜在的争议和风险。

总之，关联交易价格不公允但有正当理由的，可以在充分披露和解释的基础上被接受。然而，具体情况还需要根据法律法规和监管要求来判断，如果有任何疑问或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。