当公司资金被用于股东个人司法诉讼时，这通常涉及到了公司财务与股东个人财务之间的不当混同，可能违反了公司法的相关规定，并可能损害公司债权人的利益。以下是对此问题的一些建议和处理方式：

首先，必须明确的是，公司资金应用于公司的经营和发展，而不应被挪用于股东个人的事务，包括司法诉讼。如果公司资金已经被用于股东个人的司法诉讼，那么公司应该立即采取措施来纠正这种情况，并防止类似事件再次发生。

一、内部调查与整改

1. 公司应成立一个内部调查小组，对此事进行彻底调查，查明资金被挪用的具体情况、原因和责任人员。
2. 根据调查结果，公司应对相关责任人员进行严肃处理，包括但不限于纪律处分、经济赔偿等。
3. 公司应制定和完善内部财务管理制度，确保公司资金的安全和合规使用。

二、法律途径追究责任

1. 如果股东个人司法诉讼已经对公司造成了实际损失，公司可以通过法律途径向股东个人追偿。
2. 公司也可以考虑向有关监管部门举报此事，以维护公司利益和股东权益。

三、加强公司治理与监督

1. 公司应加强公司治理结构的建设，明确股东、董事、监事和管理层的职责和权限，确保公司决策的科学性和合法性。
2. 公司应建立健全内部监督机制，包括内部审计、财务审计等，对公司财务和经营活动进行定期或不定期的监督和检查。

四、合规的公转私操作

虽然公司账户的资金在某些情况下可以转给个人，但必须确保这种转账是合规的。例如，向员工发放工资、支付个人报销费用等，都需要有相应的合法经济业务和凭证支持。对于任何非合规的公转私操作，公司都应坚决予以制止。

综上所述，当公司资金被用于股东个人司法诉讼时，公司应立即采取措施进行内部调查与整改，并通过法律途径追究责任。同时，公司还应加强公司治理与监督，确保公司资金的安全和合规使用。在未来的经营过程中，公司应严格遵守相关法律法规和内部管理制度，防止类似事件再次发生。