个体户公章可以用于盖三方协议，但具体使用方式和要求可能因地区和银行的不同而有所差异。

一般来说，三方协议是指由纳税人、税务机关和开户银行三方共同签订的，用于委托银行划转税款的协议。对于个体户而言，在签订三方协议时，除了可以使用商户对公账户（一般存款账户）外，还可以使用业主个人储蓄账户。这意味着，个体户在签订三方协议并盖章时，可以使用个体户的公章，也可以使用业主的个人印章或签字。

然而，需要注意的是，不同地区的税务机关和银行可能对三方协议的签订和盖章有具体的要求和规定。因此，在实际操作中，建议个体户先咨询当地的税务机关或银行，了解具体的签订流程和盖章要求，以确保协议的合法性和有效性。

此外，个体户在签订三方协议时，还需要确保所填写的信息准确无误，包括纳税人名称、账户名称、账号等，以避免因信息错误而导致的扣款失败或其他问题。

综上所述，个体户公章可以用于盖三方协议，但在具体操作时需遵循当地税务机关和银行的规定和要求。