代替持股协议在法律上是合法的。代替持股，也称为股权代持，是指实际出资人与他人约定，以他人名义代实际出资人履行股东权利义务的一种股权或股份处置方式。这种协议在商业实践中较为常见，尤其是在某些特定情境下，如隐名投资、避免某些法律或监管限制等。

法律解释

1. 合同自由原则：根据合同法的基本原则，当事人有自由订立合同的权利，只要合同内容不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，即应认定为有效。代替持股协议作为当事人之间的一种合同约定，同样遵循这一原则。

2. 公司法相关规定：虽然《公司法》并未直接对代替持股作出规定，但也没有禁止此类协议的存在。在实践中，只要代替持股协议的内容合法、真实、有效，且不影响公司和其他股东的合法权益，法律通常会认可其效力。

注意事项

尽管代替持股协议在法律上是合法的，但在实际操作中仍需注意以下几点：

1. 明确权利义务：代替持股协议应详细约定双方的权利和义务，包括但不限于出资额、股权比例、收益分配、风险承担、表决权行使等，以避免未来产生纠纷。

2. 保密性：由于代替持股往往涉及隐名投资，因此协议的保密性尤为重要。双方应严格遵守保密条款，防止信息泄露。

3. 法律风险防范：在签订代替持股协议时，应充分考虑可能涉及的法律风险，如股权被冻结、强制执行等，并提前制定应对措施。

4. 及时办理变更登记：如果实际出资人未来希望显名成为公司股东，应及时与公司及其他股东协商，并按照规定办理股权变更登记手续。

综上所述，代替持股协议在法律上是合法的，但双方在签订协议时应谨慎考虑各种因素，确保协议的合法性和有效性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。