起诉后申请查询对方银行流水，对方有可能会知道。具体分析如下：

一. 查询银行流水的法律程序

1. 在起诉过程中，若你需要查询对方的银行流水作为证据，必须向法院提出申请，并说明查询的理由和必要性。
2. 法院审查认为你的申请符合法律规定后，会向银行发出协助查询通知书，要求银行提供对方的银行流水记录。

二. 对方可能知晓的途径

1. 银行通知：虽然银行在协助法院查询时，通常会保密进行，但银行有可能在内部操作中留下记录。若对方对银行流水有特别关注，或通过某种途径得知了法院查询的信息，便有可能意识到自己的银行流水已被查询。
2. 法庭质证：在庭审过程中，若你将查询到的银行流水作为证据提交，并进行质证，对方自然会知晓你曾查询过其银行流水。
3. 律师告知：若对方也聘请了律师，律师在了解案情和准备辩护过程中，有可能会告知对方你曾查询过其银行流水。

三. 法律依据

• 根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，当事人因客观原因不能自行收集的证据，可以申请人民法院调查收集。银行流水作为可能证明案件事实的证据，属于法院可以调查收集的范围。

我的观点：在起诉过程中查询对方银行流水，虽然是为了维护自己的合法权益，但对方确实有可能通过某些途径得知。因此，在采取这一行动前，应充分权衡利弊，确保查询的必要性。同时，也要做好对方可能知晓并作出相应反应的准备。如有进一步需要，您可以继续咨询我。