违反规章制度扣工资是否违法，需根据具体情况来判断。以下是对这一问题的详细分析：

1. 合法的扣工资情形：

   • 代扣代缴费用：用人单位可以依法代扣代缴劳动者应当缴纳的个人所得税、社会保险费用和住房公积金。
   • 经济损失赔偿：若劳动者因个人原因给用人单位造成经济损失，用人单位可按劳动合同约定要求劳动者赔偿，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地月最低工资标准。
   • 违纪扣款：用人单位可依据合法有效的规章制度对违反公司规定的劳动者进行工资扣除，但规章制度的制定需经过民主程序，不违反法律法规，并已向劳动者公示。扣除金额应合理，且不能超出法律允许的范围。

2. 违法的扣工资情形：

   • 无故克扣工资：用人单位无正当理由扣减劳动者应得工资，或以各种不合理的借口扣工资，均属违法。
   • 违反最低工资标准：用人单位扣除工资后，支付给劳动者的工资低于当地最低工资标准，也是违法行为。
   • 其他违法扣除情形：如要求劳动者承担与工作无关的费用，或超出员工正常日薪的罚款等，同样属于违法扣工资行为。

例如，如果用人单位因员工上班迟到而扣除其工资，若迟到罚款超出员工正常日薪或未按照合法规章制度执行，则可能构成违法扣工资。再如，如果用人单位以员工工作绩效未达标为由克扣工资，而实际上并未遵循合法的绩效考核程序或扣款标准，这同样属于违法行为。

综上所述，用人单位在扣工资时应严格遵守相关法律法规和劳动合同的约定，确保扣款行为合法合理。劳动者也应了解自己的权益，并在权益受损时及时与我联系，通过法律途径维护自己的合法权益。