军属土地被以村民自治为由侵犯时，应首先尝试与侵占方协商解决，若协商无果，可依次通过向当地人民政府或土地管理部门申请处理、寻求法律援助、报警以及通过军事组织寻求帮助等途径来维护自己的合法权益。

一. 尝试协商解决

首先，军属应与侵占方进行协商，了解其以村民自治为由侵占土地的具体情况和原因，并尝试通过友好协商的方式解决问题。在协商过程中，军属可以明确提出自己的合理要求，如要求侵占方停止侵害、恢复原状并赔偿损失等。协商解决是解决此类纠纷的一种温和且高效的方式。

二. 向当地人民政府或土地管理部门申请处理

如果协商无果，军属可以向当地人民政府或土地管理部门提出书面申请，请求对侵占行为进行处理。在申请时，应提供相关的证据材料，如土地权属证明、侵占行为的照片或视频等。政府部门在接到申请后，会依法进行调查处理，以确保军属的合法权益得到维护。

三. 寻求法律援助

若政府部门的处理结果仍无法满足军属的合法要求，或者侵占方拒绝履行政府部门的处理决定，军属可以寻求法律援助。可以向当地的法律援助中心申请法律援助，获得专业律师的帮助和支持。律师将协助军属收集证据、准备材料，并代表其通过法律途径解决纠纷。

四. 报警处理

如果侵占行为涉及到违法犯罪，如故意破坏军属土地上的农作物、建筑物等，军属或其家属可以直接向公安机关报警。公安机关将会依法立案调查，并追究侵占者的法律责任。

五. 通过军事组织寻求帮助

作为军属，还可以通过所在军事组织向上级反映情况，请求组织出面协调解决。军事组织在维护军人及其家属合法权益方面具有一定的职责和作用，能够协助军属更好地解决土地侵占问题。

综上所述，军属在面临土地被以村民自治为由侵犯时，应首先尝试通过协商解决问题。若协商无果，则应依法向政府部门申请处理、寻求法律援助、报警以及通过军事组织寻求帮助等途径来维护自己的合法权益。在处理此类纠纷时，军属应保持冷静、理性，并依法行事。如有进一步需要，您可以继续咨询我。