医疗器械生产企业擅自增加库房面积，应由县级以上食品药品监督管理部门责令改正，并处1万元以上3万元以下罚款。以下是具体的分析：

一. 法规依据

• 根据《医疗器械经营监督管理办法》第五十四条，有下列情形之一的，由县级以上食品药品监督管理部门责令改正，处1万元以上3万元以下罚款：其中就包括“医疗器械经营企业擅自变更经营场所或者库房地址、扩大经营范围或者擅自设立库房的”。

二. 处罚流程

1. 立案阶段：监管部门会通过监督检查、举报投诉、其他部门移送、上级部门交办等途径发现违法行为线索，并在15日内组织核查，决定是否立案。
2. 调查阶段：案件承办人员将进行调查取证，现场检查情况会如实记入现场检查笔录，并允许当事人陈述申辩。
3. 审查阶段：案件审查委员会将对案件的违法事实、收集的证据等进行审查，提出处理意见。
4. 告知阶段：在送达行政处罚告知书的同时，会告知当事人享有陈述申辩和要求听证等权利。
5. 决定阶段：根据案件审理情况和当事人的陈述申辩理由，决定是否予以行政处罚。如需处罚，将制作行政处罚决定书。
6. 送达阶段：行政处罚决定书将在7日内送达当事人。
7. 执行阶段：督促当事人履行生效的行政处罚决定，对逾期不履行的，将依照《行政强制法》的规定申请行政强制执行。

我建议：医疗器械生产企业应严格遵守相关法律法规，不得擅自变更库房地址或扩大经营范围。如有需要，应按照规定程序进行申请和审批。同时，企业也应加强内部管理，确保经营活动的合法性和规范性。如有进一步需要，您可以继续咨询我。