结论前置：在协议中，借款人同意过世后将所持有的股权转让给出借人，这一约定的合法性取决于多个因素，包括但不限于协议的具体内容、相关法律的规定以及股权的性质等。一般来说，如果协议内容合法、明确，且不违反相关法律法规的强制性规定，同时股权的转让也符合公司章程和相关法律的要求，那么这样的约定是合法的。
详细分析：
协议内容的合法性：
- 协议中关于股权转让的约定必须明确、具体，不能存在歧义或模糊不清的情况。
- 协议内容不能违反国家法律法规的强制性规定，如《公司法》、《民法典》等关于股权转让的相关规定。
相关法律法规的约束：
- 根据《公司法》的规定，股东有权转让其全部或者部分股权，并应当遵守公司章程和法律、行政法规的规定。
- 如果借款人（股东）过世后，其股权成为遗产，那么还需要遵循《民法典》关于遗产继承的相关规定。
股权的性质与转让限制：
- 股权的性质可能因公司类型（如有限责任公司、股份有限公司）而有所不同，转让限制也可能因此不同。
- 有些公司的章程或股东协议中可能包含对股权转让的特别约定，如优先购买权、同意权等，这些约定也会影响股权转让的合法性。
实际操作的考虑：
- 在实际操作中，还需要考虑股权转让的税务问题、公司其他股东的意愿、公司管理层的稳定性等因素。
- 如果借款人过世后，其继承人不同意将股权转让给出借人，那么可能还需要通过法律途径来解决争议。
综上所述，协议中借款人同意过世后将所持有的股权转让给出借人的约定，在符合相关法律法规和公司章程的前提下，是可以被视为合法的。但具体情况还需要根据协议的具体内容、相关法律法规以及股权的性质等因素来综合判断。如果你有相关的法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。