单位在特定情况下可以查询员工的违法记录，具体来说，主要是犯罪记录。以下是对这一问题的详细解答：
一、单位可以查询员工犯罪记录的情况
单位可以查询本单位在职人员或者拟招录人员的犯罪记录，但这一查询行为应当符合法律、行政法规关于从业禁止的规定。也就是说，对于某些特定岗位，如涉及国家安全、公共利益等关键岗位，单位有权利也有必要了解员工的犯罪记录情况。
二、查询的依据和流程
查询依据：单位查询员工犯罪记录需要依据具体的法律条款，如《刑法》中关于从业禁止的规定。这些规定通常散见于各类法律法规中，单位在查询前应当明确查询的法律依据。
查询流程：单位申请查询员工犯罪记录，需要向住所地公安派出所提交申请。查询对象为外国人的，由单位住所地县级以上公安出入境管理部门受理。申请时，单位需要提交单位介绍信、经办人有效身份证明、加盖单位公章的查询申请表，以及查询对象系单位在职人员或者拟招录人员的有关材料。查询申请表应当列明申请查询依据的具体法律条款。
三、员工犯罪记录的告知与查询权
员工告知义务：一般而言，员工有义务主动告知用人单位自己的犯罪记录情况。特别是对于特殊岗位，员工更应当如实报告。然而，对于某些轻微犯罪记录，如犯罪时不满十八周岁被判处五年有期徒刑以下刑罚的，员工可能无需主动告知。
员工查询权：员工也有权查询自己的犯罪记录情况。对于个人查询，未发现申请人有犯罪记录的，公安机关应当出具《无犯罪记录证明》。
四、注意事项
合法合规：单位在查询员工犯罪记录时，必须遵守相关法律法规，不得侵犯员工的合法权益。
必要性原则：单位在查询员工犯罪记录时，应当遵循必要性原则，即只有当查询结果对单位用人决策具有直接影响时，才能进行查询。
保密义务：单位在获取员工犯罪记录后，应当严格保密，不得随意泄露给第三方。
综上所述，单位在特定情况下可以查询员工的犯罪记录，但需要遵守相关法律法规和程序要求。如果您对具体查询流程或法律依据有疑问，可以直接向我咨询。