停车故意遮挡商户号牌的行为，应由公安机关交通管理部门依法处罚，具体为处警告或者二十元以上二百元以下罚款，并可以对机动车进行扣留。以下是对此问题的详细分析：

一. 法律依据

1. 《中华人民共和国道路交通安全法》第九十条：机动车驾驶人违反道路交通安全法律、法规关于道路通行规定的，处警告或者二十元以上二百元以下罚款。本法另有规定的，依照规定处罚。此条款明确规定了对于违反道路交通安全法律、法规的行为，公安机关交通管理部门有权进行处罚。

2. 《中华人民共和国道路交通安全法》第九十五条：故意遮挡、污损或者不按规定安装机动车号牌的，依照本法第九十条的规定予以处罚。此条款特别针对故意遮挡、污损或者不按规定安装机动车号牌的行为，规定了相应的处罚措施。

二. 处理流程

• 发现违法行为：公安机关交通管理部门在巡逻或者接到举报后，发现有机动车停车时故意遮挡号牌的行为。
• 进行处罚：根据《中华人民共和国道路交通安全法》的相关规定，对违法行为人进行处罚，处警告或者二十元以上二百元以下罚款。
• 扣留机动车：在必要时，公安机关交通管理部门可以扣留机动车，并通知当事人提供相应的牌证、标志或者补办相应手续。当事人提供相应的牌证、标志或者补办相应手续的，应当及时退还机动车。

三. 实际案例

• 例如，某车主在停车时故意用布遮挡住车牌，以逃避可能的停车费用或者避免被监控拍到。这种行为被公安机关交通管理部门发现后，依据相关法律规定，该车主被处以罚款，并且机动车被扣留，直到车主提供合法的车牌并补办相关手续后才得以取回。

综上所述，停车故意遮挡商户号牌的行为是违法的，应由公安机关交通管理部门依法进行处罚。我建议广大车主应遵守交通法规，不要故意遮挡号牌，以免受到不必要的处罚。如有进一步需要，您可以继续咨询我。