微粒贷逾期后自动扣除的并不全是违约金，还可能包含逾期利息、诉讼费用等其他费用。具体分析如下：

一. 违约金的可能性

• 根据《中华人民共和国民法典》第五百八十五条，当事人可以约定一方违约时根据违约情况向对方支付一定数额的违约金。因此，微粒贷逾期后，按照合同约定，可能会自动扣除一部分违约金。

二. 其他费用的可能性

• 除了违约金，逾期还可能产生逾期利息、诉讼费用等其他相关费用。这些费用也可能在逾期后被自动扣除，具体扣除哪些费用，需根据微粒贷的借款合同以及逾期后的具体情况来确定。
• 例如，如果逾期时间过长，导致微粒贷方面提起了诉讼，那么诉讼费用也可能在判决后被自动从账户中扣除。

三. 建议与结论

• 我建议您仔细查看微粒贷的借款合同以及逾期后的相关通知，以明确了解逾期后可能产生的费用以及这些费用的具体计算方式和扣除方式。
• 如有进一步需要，您可以继续咨询我，以便更准确地了解您的具体情况并给出更具体的建议。