微粒贷逾期后，可以尝试协商退还自动扣除的违约金，但成功与否取决于具体的协商情况和贷款机构的政策。

一. 协商退还的可能性

1. 合同变更原则：根据《中华人民共和国民法典》第五百四十三条，当事人协商一致，可以变更合同。这意味着，如果贷款机构同意，理论上是可以协商变更还款条款，包括退还已扣除的违约金的。
2. 贷款机构政策：然而，实际操作中，贷款机构是否同意退还违约金，以及退还的条件和流程，都取决于其内部的政策和规定。因此，具体的协商结果会因人而异。

二. 协商退还的步骤

1. 联系贷款机构：首先，你需要主动联系微粒贷的客服或相关部门，表达你的协商意愿，并了解他们的政策和流程。
2. 提供合理理由：在协商过程中，提供合理的理由和证据来支持你的请求是很重要的。比如，你可以说明逾期的原因（如突发事件、经济困难等），以及你已经采取的补救措施（如尽快筹款还款等）。
3. 达成协商：如果贷款机构同意退还违约金，务必确保双方就退还的金额、方式、时间等细节达成明确的协议，并保留好相关证据。

三. 注意事项

1. 及时沟通：逾期后应尽快与贷款机构沟通，避免违约金继续累积，同时增加协商成功的可能性。
2. 了解政策：在协商前，尽量了解微粒贷关于逾期和违约金的相关政策，以便更有针对性地提出请求。

我建议：在协商过程中，保持诚恳和积极的态度，同时做好充分的准备，了解相关法律法规和贷款机构的政策。如有进一步需要，您可以继续咨询我。