店内码覆盖商品条码是违法的，具体处罚措施会根据不同地区的法规有所差异。

1. 违法性解释：

   • 根据《湖南省商品条码管理办法》第二十二条，经销的商品标识上已经标注商品条码的，销售者不得使用店内条码进行替换和覆盖。这表明，如果商品本身已经有商品条码，销售者应当直接使用，而不应使用店内条码进行替换或覆盖。

2. 处罚措施：

   • 以湖南省为例，根据《湖南省商品条码管理办法》第三十二条，违反规定使用店内条码替换或者覆盖商品条码的，责令限期改正；逾期不改正的，处500元以上1000元以下罚款。
   • 在内蒙古自治区，根据《内蒙古自治区商品条码管理办法》第三十六条，违反类似规定的，由旗县级以上质量技术监督行政管理部门责令改正，并处以3000元罚款。

3. 法律建议：

   • 作为销售者，应当严格遵守相关法律法规，确保商品条码的正确使用。
   • 如果发现店内码被错误地用于覆盖商品条码，应立即进行整改，以避免可能的法律处罚。
   • 对于不确定如何正确使用商品条码的情况，建议咨询当地市场监督管理部门或专业律师，以确保合规经营。

综上所述，店内码覆盖商品条码是违法的，且根据不同地区的法规，可能会面临不同的处罚措施。因此，销售者应谨慎使用店内码，确保合规经营。