业主大会程序违法，房管局确实可以处理。具体来说：

1. 处理依据与措施：

   • 根据《物业管理条例》第十九条规定，业主大会、业主委员会应当依法履行职责，不得作出与物业管理无关的决定，不得从事与物业管理无关的活动。若业主大会作出的决定违反法律、法规，物业所在地的区、县人民政府房地产行政主管部门（即房管局）或者街道办事处、乡镇人民政府，有权责令其限期改正或者撤销其决定，并通告全体业主。

2. 实际操作流程：

   • 当业主发现业主大会程序违法时，首先可以向业主委员会或相关责任人提出质疑，要求其解释或纠正。
   • 若业主委员会未予理会或纠正，业主可以向物业所在地的房管局或街道办事处、乡镇人民政府进行投诉或举报。
   • 房管局或相关政府部门在接到投诉或举报后，将进行调查核实，并根据调查结果采取相应的处理措施，如责令限期改正、撤销决定等。

3. 法律后果与警示：

   • 若业主大会的违法行为得到确认并受到处理，其违法决定将被撤销或改正，相关责任人可能面临行政处罚或法律追责。
   • 这一规定不仅维护了小区管理的合法性与规范性，也提醒业主大会和业主委员会必须严格遵守法律法规，确保小区管理的合法性与公正性。

综上所述，业主大会程序违法时，房管局作为房地产行政主管部门，有权并应当进行处理。业主在发现违法行为时，应及时向相关部门投诉或举报，以维护自身权益和小区管理的秩序。