生态环境损害赔偿轻微案件的综合认定标准，主要依据的是各地生态环境局制定的相关规定。以晋城市生态环境局为例，他们出台的《生态环境损害赔偿轻微案件综合认定办法(试行)》对这类案件的综合认定标准进行了明确。

首先，该办法明确了“生态环境损害赔偿轻微案件”的定义，即指赔偿义务人违反国家规定造成生态环境损害，但生态环境损害事实简单、责任认定无争议、且损害较小的非涉刑案件。

接下来，关于综合认定的具体情形，该办法列出了以下几种：

1. 涉及大气、水污染物（有毒有害、放射性、重金属、病原体污染物除外）超标排放的案件，如果超标排放浓度限值小于等于0.3倍，且超标排放时间不超过6小时，且违法事实清楚，那么这类案件可以被认定为轻微案件。
2. 涉及一般工业固体废物的生态环境损害案件，如果损害轻微且违法事实清楚，也可以被认定为轻微案件。
3. 其他违法事实清楚，且损害轻微的生态环境损害案件，同样可以被纳入轻微案件的范围。

在综合认定程序方面，该办法也做了详细规定。包括市生态环境局依法告知赔偿义务人其违法行为可能造成的生态环境损害及应承担的责任；赔偿义务人按要求提供有关书面材料及数据资料；市生态环境局可以选取专家参与综合认定，专家费用由赔偿义务人负担；综合认定小组由专家、市生态环境局相关政策法规科负责人、分管负责人及违法行为涉业务科室工作人员等组成；综合认定意见由综合认定小组作出。

此外，该办法还规定了综合认定的时限为六十个工作日，自案件线索索赔启动日开始起算，特殊情况可以延长三十个工作日。综合认定结束后，综合认定小组应出具签字并加盖市生态环境局公章的综合认定意见，该意见可作为生态环境损害赔偿的依据。

需要注意的是，该办法的有效期为两年，且如果法律、法规、规章以及国家或山西省对生态环境损害轻微案件认定另有规定的，从其规定。

总的来说，生态环境损害赔偿轻微案件的综合认定标准是一个相对复杂且具体的体系，它涉及到案件的定义、认定情形、认定程序、认定时限以及认定意见等多个方面。在实际操作中，需要根据具体情况进行综合考虑和判断。