两年内环境污染违法次数以下达的行政处罚决定书确定。具体分析如下：

一. 违法次数的计算依据

1. 西藏自治区规定：《西藏自治区生态环境行政处罚裁量基准》规定，环境违法次数以下达的行政处罚决定书确定，不要求为同一类或同一种违法行为；同一行政处罚决定书含多个环境违法行为的，以行为个数计算违法次数。这意味着，在西藏自治区内，违法次数的计算是基于行政处罚决定书的下达情况，而非违法行为本身。
2. 生态环境部参考基准：生态环境部《部分常用环境违法行为自由裁量参考基准及计算方法》中提到的违法行为共性裁量基准，将环境违法次数计算为“两年内，含本次”。但这与西藏自治区的具体规定存在差异。

二. 特殊情形的处理

• 对于依法免予处罚的情形，依据《中华人民共和国行政处罚法》第三十三条规定，如果符合《西藏自治区生态环境行政处罚裁量基准》共性因子裁量基准的裁量因素“两年内生态环境违法次数(不含本次)”“未受过处罚”情形，则相应的违法次数不计入两年内环境污染违法次数。

三. 结论与建议

• 结论：在西藏自治区内，两年内环境污染违法次数的计算是以下达的行政处罚决定书为依据的，而非简单地计算违法行为本身。这一规定与生态环境部的参考基准存在差异，但西藏自治区已依照法定程序制定了相关规定，并通过了备案审查。
• 建议：在实际操作中，应严格遵循《西藏自治区生态环境行政处罚裁量基准》的规定，以下达的行政处罚决定书为准来计算两年内环境污染违法次数。如有进一步需要，您可以继续咨询我。