水污染防治设施运行台帐的适用法律依据主要来源于《中华人民共和国水污染防治法》。这部法律旨在推进生态文明建设，保护和改善水环境，以及维护公众健康，它为企业和单位在水污染防治方面设定了明确的责任和义务。

首先，根据《中华人民共和国水污染防治法》的相关规定，企业事业单位和其他生产经营者如果直接或者间接向水体排放工业废水和医疗污水等，应当取得排污许可证。排污许可证上会明确排放水污染物的种类、浓度、总量和排放去向等要求，这是确保水污染防治设施正常运行和排放达标的重要法律依据。

其次，该法律还规定了水污染防治设施的相关制度，如“三同时”制度，即建设项目中防治污染的设施，必须与主体工程同时设计、同时施工、同时投产使用。这一制度确保了水污染防治设施在建设项目中的有效实施。

此外，《中华人民共和国水污染防治法》还加大了对水污染违法行为的处罚力度。对于未依法取得排污许可证排放水污染物、超过水污染物排放标准或总量控制指标排放水污染物，以及不正常运行水污染防治设施等逃避监管的行为，法律都设定了严格的法律责任和罚款规定。

因此，对于水污染防治设施的运行台帐来说，其记录和管理必须严格遵守《中华人民共和国水污染防治法》的相关规定。这包括确保设施的正常运行、达标排放，以及按时进行维护和检修等。同时，企业还需要定期向环保部门报告设施的运行情况和排放数据，以接受监督和检查。

综上所述，水污染防治设施运行台帐的适用法律依据主要是《中华人民共和国水污染防治法》，该法律为企业和单位在水污染防治方面提供了明确的指导和规范。