不可以。行政单位将款项打入公司委托的个人账户，而非合作方公司账户，这种做法通常是不合规的，可能涉及违反财经纪律和法律法规的问题。

1. 财经纪律角度：根据财经管理的相关规定，单位之间的经济往来应当通过单位账户进行，以确保资金的合法、合规使用。将款项打入个人账户，可能绕过单位的财务管理和监督，导致资金使用的透明度和可追溯性降低，容易引发财务风险和腐败问题。

2. 法律法规角度：根据《中华人民共和国会计法》、《中华人民共和国税收征收管理法》等相关法律法规，单位应当真实、准确、完整地记录和反映经济业务活动，确保会计信息的真实性和完整性。将款项打入个人账户，可能违反这些法律法规的规定，构成违法违规行为。

3. 合作方权益角度：将款项打入个人账户，可能损害合作方的权益。合作方作为合同的一方，有权要求按照合同约定的方式接收款项。如果行政单位将款项打入个人账户，可能导致合作方无法及时、准确地收到款项，进而影响其正常经营和合法权益。

因此，行政单位应当严格遵守财经纪律和法律法规，将款项打入合作方公司账户，确保资金的合法、合规使用，维护合作方的合法权益。如果确实存在特殊情况需要打入个人账户，应当经过严格的审批程序，并确保资金使用的合法性和合规性。同时，建议行政单位加强财务管理和监督，建立健全内控制度，防范财务风险和腐败问题的发生。