当用人单位需要盖章，并且涉及到主管部门两个章的情况时，通常应遵循一定的流程和规范来确保盖章的有效性和合规性。以下是对此问题的详细解答：

一、明确盖章要求

首先，需要明确具体需要盖章的文件类型、盖章位置以及所需印章的具体类型（如公章、财务章、合同章等）。这通常可以通过查阅公司内部规章制度、合同协议或相关主管部门的要求来确定。

二、准备盖章材料

1. 文件原件：确保需要盖章的文件是完整、准确的原件，避免使用复印件或电子版，除非特别说明。
2. 盖章申请表：根据公司规定，可能需要填写盖章申请表，明确盖章事由、文件名称、盖章位置等信息，并经过相关部门或领导的审批。
3. 其他相关材料：如合同附件、授权委托书等，根据具体情况准备。

三、主管部门盖章流程

1. 确定盖章顺序：如果文件需要多个主管部门盖章，应事先确定盖章的顺序。一般来说，可以先由业务主管部门盖章，再由上级或监管部门盖章。

2. 前往主管部门：携带准备好的盖章材料，前往第一个主管部门（如人力资源部、财务部等）进行盖章。在盖章前，可能需要向主管部门工作人员说明盖章事由，并出示相关材料。

3. 第一个主管部门盖章：工作人员审核材料无误后，会在指定位置加盖印章，并可能需要在盖章申请表上签字确认。

4. 前往第二个主管部门：完成第一个主管部门的盖章后，按照确定的顺序前往第二个主管部门（如公司办公室、法务部等）进行盖章。同样需要说明盖章事由，并出示相关材料和已盖章的文件。

5. 第二个主管部门盖章：第二个主管部门工作人员审核材料无误后，也会在指定位置加盖印章，并可能需要在盖章申请表上签字确认。至此，文件已完成两个主管部门的盖章。

四、注意事项

1. 遵守规定：在盖章过程中，应严格遵守公司内部规章制度和主管部门的要求，确保盖章的合规性。

2. 保持沟通：如果盖章过程中遇到问题或不确定的事项，应及时与相关部门或领导沟通，避免延误盖章进度。

3. 妥善保管：盖章完成后，应妥善保管好已盖章的文件和相关材料，避免遗失或损坏。

综上所述，当用人单位需要主管部门两个章时，应按照明确的盖章要求准备材料，并按照确定的顺序前往各主管部门进行盖章。在盖章过程中应遵守规定、保持沟通，并妥善保管好相关文件和材料。