申请财产保全没有恶意，但判决金额小于冻结金额，一般不构成侵权。下面是对此问题的详细分析：

一. 申请财产保全的合法性

1. 法律依据：根据《民事诉讼法》的相关规定，当事人在诉讼过程中，为了确保判决的执行或避免财产损失，有权向法院申请财产保全。这一措施是法律赋予当事人的合法权益。
2. 主观意图：在此案例中，申请人没有恶意，即其申请财产保全的目的是为了保障自己的合法权益，而非故意损害对方当事人的利益。

二. 判决金额与冻结金额的关系

1. 实际情况：判决金额小于冻结金额，可能意味着在诉讼过程中，申请人基于对现有证据和事实的判断，申请了相对较高的财产保全金额，而法院在最终判决时，根据查明的事实和证据，确定了较低的赔偿金额。
2. 法律后果：判决金额小于冻结金额，并不直接等同于申请人存在侵权行为。因为财产保全的目的是为了保障判决的执行，而非精确预测判决结果。只要申请人的申请行为没有恶意，且符合法律规定的程序和要求，就不应被视为侵权。

三. 侵权行为的构成

1. 侵权行为要素：一般来说，侵权行为的构成需要满足四个要素：违法行为、损害后果、因果关系和主观过错。在此案例中，申请人申请财产保全的行为是合法的，且没有恶意，因此不满足侵权行为的构成要素。
2. 实际影响：虽然判决金额小于冻结金额可能给对方当事人带来一定的不便或损失，但这并不构成法律上的侵权行为。对方当事人可以通过法律途径申请解除多余的冻结措施，以恢复其财产的正常使用。

综上所述，申请财产保全没有恶意，且判决金额小于冻结金额的情况下，一般不构成侵权。我的观点是，只要申请人的申请行为符合法律规定的程序和要求，且没有恶意损害对方当事人的利益，就不应被视为侵权行为。如有进一步需要，您可以继续咨询我。