《民事诉讼法》马工程第二版和第三版的主要区别在于内容更新与完善的程度不同。以下是详细分析：

一. 内容更新

1. 第二版：第二版《民事诉讼法》马工程教材在出版时，基于当时的法律法规和司法实践进行了系统的阐述。它反映了那个时期民事诉讼法的基本理论和实务操作。

2. 第三版：第三版则是在第二版的基础上，根据最新的法律法规修订、司法解释以及司法实践的发展进行了全面的更新和完善。第三版不仅涵盖了第二版的内容，还新增了近年来民事诉讼法领域的新理论、新制度和新案例，以更准确地反映当前的法律环境和实务需求。

二. 完善程度

1. 第二版：虽然第二版在当时具有较高的学术价值和实用价值，但随着时间的推移，部分内容和观点可能已经与现行的法律法规和司法实践有所出入。

2. 第三版：第三版在完善程度上更高，它及时跟进了民事诉讼法领域的最新发展，对相关内容进行了修订和补充，以确保教材的准确性和时效性。同时，第三版在体例结构、语言表达等方面也进行了优化，提高了教材的可读性和易用性。

综上所述，《民事诉讼法》马工程第二版和第三版的主要区别在于内容更新与完善的程度不同。第三版在第二版的基础上进行了全面的更新和完善，以更准确地反映当前的法律环境和实务需求。因此，我建议在使用时优先选择第三版，以获取更全面、更准确的信息。如有进一步需要，您可以继续咨询我。