针对您提出的问题，关于“违法所得是诊所的，但是由护士行医，怎么对护士进行处罚”，以下是我的详细解答：

首先，明确一点，护士行医属于医疗行为，必须依法依规进行。如果护士在没有医师指导或授权的情况下独立行医，并因此产生了违法所得，这不仅违反了医疗管理的相关规定，还可能构成非法行医。

对于这种情况，对护士的处罚可以从以下几个方面进行：

1. 行政处罚：

   • 根据《医疗事故处理条例》及相关医疗管理法规，卫生行政部门有权对违法行医的护士进行行政处罚。这包括但不限于警告、罚款、责令暂停执业活动等。
   • 如果情节严重，卫生行政部门甚至可以吊销护士的执业证书，禁止其继续从事医疗活动。

2. 纪律处分：

   • 护士所在的医疗机构或上级主管部门也可以依据内部管理规定，对违法行医的护士给予纪律处分，如记过、降职、解聘等。

3. 刑事责任：

   • 如果护士的违法行医行为导致了严重的医疗事故，甚至构成了犯罪，那么她还需要承担刑事责任。这需要根据具体的刑法规定来判断，并可能涉及刑事诉讼程序。

综上所述，对于违法行医的护士，处罚方式是多方面的，既包括行政处罚，也可能包括纪律处分和刑事责任。具体处罚方式会根据违法行为的严重程度、造成的后果以及相关法律法规的规定来确定。

如果您或您所在机构遇到了类似情况，建议及时咨询当地卫生行政部门或专业律师，以便获取更具体的法律指导和帮助。同时，也提醒广大医疗从业者，务必遵守法律法规，依法依规行医。