公司修养殖基地破坏了自家土地，这一问题的案由可能涉及多个法律领域，但根据核心要点，我们可以将其主要归类为土地侵权纠纷。
分析说明：
土地侵权纠纷：
- 当公司修建养殖基地的行为未经土地所有权人或使用权人同意，且该行为导致了土地的实际损害时，就构成了对土地权益的侵犯。这种情况下，受损方可以基于土地侵权纠纷向法院提起诉讼，要求侵权方承担相应的法律责任，包括但不限于赔偿损失、恢复原状等。
其他可能的相关案由：
- 如果公司与土地所有权人或使用权人之间存在合同关系，且修建养殖基地的行为违反了合同约定，那么还可能涉及合同纠纷。
- 如果修建养殖基地的过程中存在违反土地管理法规的行为，如非法占用土地、擅自改变土地用途等，还可能构成土地违法，由相关行政部门进行查处。
法律建议：
- 首先，建议受损方收集并保存好相关证据，如土地权属证明、损害现场照片、视频等，以证明侵权事实的存在。
- 其次，可以尝试与公司进行协商，看是否能够达成赔偿协议。如果协商无果，可以考虑通过法律途径维护自己的合法权益。
- 在提起诉讼前，建议咨询专业律师，对案件进行全面评估，并确定最佳的诉讼策略。
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